那曲市公安局设有办公室、政治部、警务保障、机关党委、经济犯罪侦查、治安管理、刑事侦查、出入境管理、网络安全保卫、监所管理、交通管理、法制、督察、指挥、禁毒、科技信息化、森林警察、警察训练、看守所、拘留所等机构，分别承担有关业务工作。